2009年5月，广州医工院在试点培养的基础上，与沈阳药科大学签署研究生联合培养及科研合作协议，成为国内唯一的“沈阳药科大学研究生教育南方教学基地”。协议签定后，双方将本着优势互补、资源共享、合作发展的原则，在研究生联合培养、学术交流、科技创新等方面开展全方位合作。
    沈阳药科大学是我国历史最悠久的综合性药科大学，目前已发展成为多学科、多层次、多形式教育的高等药学学府，建校以来为国家培养了3万余名遍布祖国各地的高级药学、制药人才，其中有很多已成为国内外知名的专家、教授、企业家和优秀领导者。沈阳药科大学学术氛围浓厚，科研工作深入扎实，在药物新剂型设计与评价、创新药物的合成与筛选、中药与天然药物药效物质基础和质量标准、药物代谢和药物动力学、药理与毒理学、药物经济学等领域的研究均居国内领先水平。
    广州医工院经过30多年的不断发展，已成为华南地区一所学科配套齐全，技术力量雄厚，以药物研究开发、技术服务为主的综合性科研机构，也是广东省yl34511线路中心重点工程研究开发中心的实施主体。广州医工所综合优势突出，下设有药物合成、药物制剂、药物分析、天然药物、药物非临床评价研究、实验动物等六大研发中心，拥有全国首批、华南地区第一家通过SFDA的GLP检查认证的国家GLP重点实验室——“国家广州新药安全评价研究重点实验室”、专门从事药物控（缓）释新技术的研究与开发的重点研究室——“广州市控释制剂研究开发中心”、实验动物Beagle犬饲养繁殖基地——“国家实验用Beagle犬种子中心”和“广东省Beagle犬种质资源研究开发中心”等，形成了具有自身特色的综合性学科格局。广州医工所先后承担和完成了国家重点项目、省、市科技项目40多项，获国家部委、省市级奖励10多项，积累了丰富的新药研发经验，在新药安全性评价、控缓释制剂、中药提取分离、Beagle犬种质资源建设、Beagle检疫犬研究开发等方面取得了丰硕的科研成果，达到国内领先水平，为国内许多制药企业、高等院校、科研院所提供技术支撑和服务。
    广州医工院与沈阳药科大学共建“研究生教育南方教学基地”和开展生物医药科研合作，将充分利用沈阳药科大学在基础研究和理论教育方面的资源优势和广州医工所在新药研发、技术服务、人才培养积累的丰富经验，共同致力于药理毒理、药物制剂、药物分析、药物合成、天然药物等方面高级人才培养、学术交流和全方位展开产学研合作，实现社会教育资源、科技创新资源的优势互补，培养更多理论知识扎实、实操经验丰富、适应社会发展需要的综合性研发人才，这充分体现了广州医工所作为华南地区以药物研究开发、技术服务为主的药物研发服务专家，软实力得到了大幅提升。目前，广州医工所已和沈阳药科大学联合培养出3名硕士研究生，正在培养的4名。
    广州医工院致力于成为药物研发全程式公共服务平台与特色创新基地，着力打造成为具有自主创新能力的综合性创新药物研发平台与产业化基地。成为国内唯一的“沈阳药科大学研究生教育南方教学基地”后，不仅将为广州医工院实现近期和远景目标提供人才支撑，也将为我国医药事业的蓬勃发展输送更多的优秀人才，并为我国医药科技创新作出更大贡献。
另外，广州医工院也已成为西南大学、广东医学院、暨南大学研究生联合培养基地。